สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นหน่วยงานในกำกับดูแลของ บัณฑิตวิทยาลัย มีฐานะเทียบเท่างาน ในสังกัดบัณฑิตวิทยาลัย โดยมีการจัดแบ่ง โครงสร้างเป็น 3 หน่วย ประกอบด้วย 1) หน่วยบรรณาธิการ 2) หน่วยผลิตเอกสาร และ 3) หน่วยเผยแพร่ และจัดจำหน่าย โดยมีคณะกรรมการบริหารสำนักพิมพ์ ให้คำปรึกษา เสนอแนะนโยบาย และสนับสนุนให้การดำเนินการของสำนักพิมพ์ เป็นไปตามแผนอย่างมีประสิทธิภาพ